1999年：南京医科大学第二临床医学院成立，下设“三部一所”

               一部设在第二附属医院，二部设在附属脑科医院

               三部设在附属南京儿童医院；一所南京医科大学儿科医学研究所

2007年：南京医科大学第二临床医学院独立设置于第二附属医院

               至此附属医院和临床医学院实行一体化管理

2018年：设置学生管理工作办公室，独立招收和管理临床医学五年制本科生

               形成了从低年级本科生到博士研究生的全周期一体化培养体系

2024年：学院成立25周年，校院融合，临床医学学科进入ESI全球排名前1‰

               临床医学一级学科博士学位授权点，临床医学博士后科研流动站